Pierwszym i najważniejszym jest św. Bonawentura. Można powiedzieć, że całe jego dzieło zmierza do stworzenia syntezy filozofii z kontemplacją jako jednej wiedzy, którą jest teologia mistyczna. Mistrzowskim przykładem usiłowania stworzenia takiego dzieła jest Itinerarium mentis in Deum. Jest to jeden z najsubtelniejszych wytworów ludzkiego geniuszu. Wśród pism o charakterze czysto duchowym wybijają się: De triplici via lub Incendium amoris, Soliloquium, Lignum vitae, De quinque festivitatibus Puer Iesu, Vitis mystica, De perfectione vitae ad sorores, Collationes de septem donis Spiritus Sancti. Nauka duchowa św. Bonawentury może być streszczona w następujących podstawowych punktach: Człowiek jest obrazem Boga poprzez naturalną część swojej istoty i podobieństwem poprzez nadnaturalną część swojej istoty. Grzech pierworodny przekreślił podobieństwo, a zachował jedynie obraz Boga, chociaż okaleczony i zaćmiony, jako że człowiek oddalił się od Boga i zwrócił się do istot stworzonych. Dlatego życie duchowe musi zacząć się od nowego stworzenia (recreatio animae – odrodzenie duszy). To nowe stworzenie rozpoczęło się z przyjściem Chrystusa i polega na wlaniu łaski uświęcającej, której towarzyszą cnoty wlane (rectificatio animae), łaska sakramentalna (sanatio animae), dary Ducha Świętego (expeditio animae) i błogosławieństwa (perfectio animae), w oparciu o wypełnianie Bożych Przykazań. Dusza, w ten sposób odrodzona, przygotowuje się do zjednoczenia z Bogiem. Nasze życie na ziemi ma być antycypacją (wyprzedzeniem), początkiem chwały niebieskiej. Tak jak życie w niebie składa się z trzech elementów, a mianowicie, z doskonałego posiadania pokoju, doskonałego oglądania prawdy i doskonałego kosztowania miłości, tak samo życie duchowe na ziemi musi być drogą prowadzącą do odpocznienia w pokoju, do blasku prawdy i cieszenia się miłością. Stąd trzy drogi: purgativa (oczyszczająca), illuminativa (oświecająca) i unitiva (jednocząca); purgatio ad pacem ducit, illuminatio ad veritatem, perfectio ad caritatem (oczyszczenie prowadzi do pokoju, oświecenie do prawdy, doskonałość do miłości).

W konsekwencji, działania duszy są uporządkowane hierarchicznie, ponieważ umieszczają duszę na określonym stopniu podobieństwa do Boga, naprawiając tę drabinę, którą zniszczył grzech Adama. Via (droga) jest dla Bonawentury synonimem aktu hierarchicznego lub szeregu aktów, poprzez które dusza osiąga jeden z konstytutywnych elementów doskonałości: pokój, prawdę, miłość. Powinny one znajdować się na wszystkich stopniach życia duchownego, są one jak trzy drogi paralelne, tej samej długości, od najniższego stopnia aż do szczytów świętości. Natomiast trzy stopnie – początkujący, postępujący i doskonali – także wyjaśniane przez doktora serafickiego, są to trzy kolejne etapy, trzy okresy wiekowe, takie same na każdej z trzech dróg.

Medytacja albo rozważanie jest wspólna dla wszystkich trzech dróg, jakkolwiek posługiwanie się władzami duszy jest oddzielne na każdej z nich. Modlitwa myślna obejmuje trzy stopnie lub ćwiczenia: deploratio miseriae (ubolewanie nad nędzą – via purgativa), imploratio misericordiae (prośba o miłosierdzie – via illuminativa), exhibitio latriae (okazanie chwały – via unitiva). Kontemplacja jest najważniejszym ćwiczeniem. Mamy tu dwa odrębne rodzaje: kontemplacja intelektualna, która polega na ekstazie inteligencji, do której dochodzi się poprzez sześć kolejnych etapów: speculatio Dei, in creaturis et per creaturas, animae in se ipsa et per se ipsam, in ipso Deo et per ipsum Deum. Ta jednak ekstaza nie jest przemieniającą, ale upodabnia duszę do Boga; kontemplacja mądrościowa, która prowadzi do doskonałej jedności z Bogiem poprzez miłość. Odpowiada doświadczalnemu poznaniu Boga, smakowaniu słodyczy Boga. Jest to ekstaza przemieniająca.

Według Świętego wszyscy ludzie są powołani do kontemplacji mądrościowej; jeśli jej nie osiągają, to przez brak wspaniałomyślności. Aby się nią cieszyć potrzeba następujących dyspozycji: oczyszczenie mocy, praktykowanie ścisłego ubóstwa, żarliwa modlitwa oraz pragnienie wzlotów mistycznych. W kontemplacji mistycznej św. Bonawentura rozróżnia różne stopnie lub przejawy: ekstaza woli, rozkoszowanie się duchowe, sensacje duchowne, śmierć mistyczna, ciemności świetliste, porwanie. Należy pamiętać, że cała teologia mistyczna św. Bonawentury mieści się w koncepcji egzemplaryzmu i illuminacji, tak charakterystycznych dla jego filozofii. Wpływ św. Bonawentury tak w jego czasach, jak i w wiekach późniejszych, był naprawdę wielki, zarówno wewnątrz Zakonu, jak i poza nim.

Renoma, jaką się cieszył, sprawiła, iż przypisano mu wiele dzieł duchowych, jak na przykład Meditationes vitae Christi, napisane, jak się wydaje, przez franciszkanina Jana z Caulibus, na początku wieku XIV. Medytacje te miały wielkie powodzenie w całym chrześcijaństwie i przyczyniły się, jak żadne inne dzieło, do zbliżenia dusz do Chrystusowego człowieczeństwa. Wyraźny jest jego wpływ na tzw. devotio moderna, na pobożność ludową i na sztukę.

Współczesnym św. Bonawenturze był, już cytowany, Dawid z Augusta, który napisał po niemiecku wiele traktatów duchowych. Dziełem jednak, które przyniosło mu najwięcej chwały, był traktat przeznaczony dla wychowywania nowicjuszy, o którym już wspomnieliśmy. Była to, przed ukazaniem się Naśladowania Chrystusa, jedna z najbardziej poczytnych książek. Wywarł on także wielki wpływ na pisarzy devotio moderna, a więc na Tomasza a Kempis, Radewijnsa, Monbaera. Równie wielką popularność miało: dzieło Speculum beatae Mariae Virginis (Zwierciadło Błogosławionej Dziewicy Maryi), napisane przez Konrada z Saksonii (+1279), przypisywane przez dłuższy czas św. Bonawenturze; Stimulus amoris (Bodziec miłości) Jakuba z Mediolanu, również ono było przypisywane św. Bonawenturze; Meditatio pauperis in solitudine (Medytacja ubogiego na samotności), anonimowego autora z wieku XIII, nie wolne od niepokojów właściwych dla spirytualnych.

W tym samym nurcie znajduje się Arbor vitae cruxifixae Jesu (Drzewo ukrzyżowanego życia Jezusa), napisane w roku 1305 przez Ubertino z Casale. Jest to mieszanina danych biograficznych, uniesień mistycznych, wziętych w większości od św. Bonawentury i idei Joachima z Fiore, z atakami na papieża, Kościół i Zakon.

Mistyka franciszkańska, pod koniec wieku XIII, znalazła wspaniałą żeńską interpretację u ekstatycznej franciszkanki, Anieli z Foligno (+1309), która zgromadziła wokół siebie sporą liczbę uczniów, wśród których był sam Ubertino z Casale, a której pisma i doświadczenia mistyczne są dziś przedmiotem studiów.

W tym samym czasie pisał tercjarz, Rajmund Lull z Majorki (+1316). Wśród licznych jego dzieł znajdują się cenne i bardzo oryginalne traktaty duchowne zarówno poetyckie, jak i mistyczne. Wśród najważniejszych należy wymienić: Llibre de contemplació en Déu, Llibre d’Amic e Amat, włączoną do większego dzieła, Blanquerna. W wieku XIV, wieku dekadencji, autorzy piszący na tematy duchowne są nieliczni i mało znaczący. W Katalonii, pod koniec wieku, jest znany Franciszek Eiximenis (+ 1409), propagator obserwancji, którego traktat Tractat de contemplació, włączony w jego dzieło Scala Dei, ma wielkie znaczenie ze względu na ujęcie modlitwy myślnej w pewną metodę. Dzieło to będzie naśladowane wiek później przez benedyktyna Garcia z Cisneros w jego Exercitatorio. Poza tym zasługują na wspomnienie Rudolf z Biberach ze względu na swój traktat De septem itineribus aeternitatis; Otton z Passau (+ 1390) oraz Marquardus z Lindau (+ 1392), którzy obydwaj pisali w języku narodowym. Ci ostatni są przejawem rozkwitu mistyki niemieckiej; do wybitnych jej przedstawicieli zalicza się w wieku XV Henryk Herp (Harphius), obserwant z prowincji kolońskiej (+ 1477). Uczeń, albo lepiej propagator poglądów Jana Ruysbroecka, wydaje się całkowicie przeniknięty wpływami intelektualistycznej szkoły niemieckiej, a zjednoczenie mistyczne wyjaśnia jako pewnego rodzaju powrót do jedności z Bogiem poprzez unicestwienie siebie i ogołocenie z wszelkich rzeczy widzialnych. Znajdujemy u niego pewne wyrażenia trącące panteizmem i kwietyzmem. Spowodowało to, że w roku 1599 znalazła się na indeksie jego Theologia mystica, tytuł pod którym zostały wydane jego najważniejsze traktaty: Eden seu Paradisus contemplativorum, Scala amoris i Speculum perfectionis seu Directorium contemplativorum. Jego oddziaływanie było rzeczywiście wielkie, zwłaszcza na mistyków hiszpańskich wieku XVI i na kapucynów francuskich wieku XVII.

Obserwancki wikariat Kolonii dał w tym samym czasie innych, mniejszych pisarzy, takich jak: Jan Brugman (+ 1473), Wilhelm z Gouda (+ po roku 1480) i Filip Meron (+ po roku 1492). Spośród obserwantów włoskich, oprócz św. Bernardyna ze Sieny i św. Jana Kapistrana, na uwagę zasługują Mikołaj z Osimo (+ ok. 1453), znany ze swego dzieła Quadriga spirituale, napisanego w języku włoskim, wiele razy wydawanego w wieku XVI, oraz Cherubin ze Spoleto (+ 1484), którego Regola della vita spirituale, wydana w roku 1477, miała 32 wydania. W tym samym wieku odnowy duchowej i wspaniałych owoców świętości, znajdujemy trzy postacie kobiet, reprezentantki autentycznej duchowości serafickiej. Są nimi klaryski: św. Katarzyna z Bolonii (+ 1463) i bł. Kamila Baptysta z Varano (+ 1524) oraz tercjarka, św. Katarzyna z Genui (+ 1510). Wszystkie trzy były wielkimi mistyczkami oraz wpływowymi mistrzyniami duchowości. Katarzyna z Bolonii napisała książkę zatytułowaną Le sette armi spirituali, pewien rodzaj autobiografii, będącej antycypacją systematyzacji “walki duchowej”, o której będzie się wiele pisało w późniejszej szkole włoskiej. Baptysta z Varano była pisarką płodniejszą. Znany jest jej traktat I dolori mentali di Gesu, który miał 278 wydań w różnych językach, oraz jej Autobiografia. Katarzyna z Genui znana jest ze swego Trattato del purgatorio, będącego owocem własnych mistycznych oczyszczeń, oraz z dzieła Dialogo spirituale.

Prawdziwą historię duchową stanowi jednak nie historia literatury duchownej czy też historia podejmowanych działań wychowawczych. Jest nią historia bardziej ukryta, dotycząca osobistego uświęcenia. Dostarcza nam ona, poprzestając tylko na pierwszym Zakonie, i zatrzymując się jedynie na świętych oficjalnie przez Kościół ogłoszonych, długiego wykazu świętych i błogosławionych. Są oni najwymowniejszym świadectwem uświęcającej mocy franciszkańskiego ideału. Wykaz świętych otwiera pięciu męczenników z Maroka, którzy oddali swoje życie w roku 1220 oraz siedmiu męczenników z Ceuty, którzy ponieśli śmierć w roku 1227. Z męczeństwem pierwszych związane jest niezrównane życie św. Antoniego z Padwy (+ 1231), doktora ewangelicznego, człowieka na miarę serca Franciszkowego. Innym świętym pierwszej wielkości jest św. Bonawentura z Bagnoregio (+ 1274). Mamy jeszcze innych z pierwszego wieku franciszkańskiego: św. Benwenutego z Ankony, biskupa (+ 1282) oraz innego biskupa, św. Ludwika z Tuluzy (+ 1297), odznaczającego się wielką cnotą czystości, księcia z domu Andegaweńskiego, zmarłego na tyfus w wieku 24 lat. Z 25 błogosławionych, którzy żyli w wieku XIII, czterej są męczennikami. Pozostali zaś byli czczeni po śmierci przez lud, a kult ten został potwierdzony przez Kościół. Na wspomnienie zasługują: Idzi z Asyżu (+1262), jedyny z towarzyszy św. Franciszka, który dostąpił chwały ołtarzy; Jan z Parmy (+ 1289), minister generalny; Konrad z Offidy (+ 1306). Wiek XIV, choć tak bardzo niespokojny, był bogaty w inicjatywy misyjne, a przede wszystkim w męczenników. Czterech z nich zostało kanonizowanych w roku 1970. Byli to misjonarze palestyńscy: Mikołaj Tavelić, Deodat z Rodez, Piotr z Narbony i Stefan z Cuneo. Ponieśli oni śmierć męczeńską w roku 1391. Z dwunastu błogosławionych wieku XIV czterej byli misjonarzami męczennikami. Można do nich dołączyć dwóch innych misjonarzy, Odoryka z Pordenone (+ 1331) i Jakuba ze Strepa (+ 1409).

Kanonizowani święci wieku XV to wybitne postaci ruchu obserwanckiego: Bernardyn ze Sieny (+1444), który odnowił życie chrześcijańskie we Włoszech; Jan Kapistran (+ 1456), prawa ręka papieży w trudnych latach szczytu potęgi otomańskiej; Piotr Regalado (+ 1456), prototyp mieszkańców zreformowanych eremów w Hiszpanii; Dydak z Alcala’ (+ 1463), pokorny brat laik, który osiągnął powszechną popularność; Jakub z Marchii (+ 1476), bardzo podobny w swojej działalności w służbie Kościoła do Jana Kapistrana.

Błogosławionych w tej epoce jest 24 i wszyscy są obserwantami. Wpływ na liturgię i pobożność ludową: Jedną z usług wyświadczonych przez zakony mendykanckie (żebrzące) było przerzucenie pomostu między tradycyjnym życiem liturgicznym, prowadzonym w opactwach i kolegiatach, a religijnymi wymogami nowego społeczeństwa.

Ruchliwość i nowe kierunki w apostolacie w połączeniu z intensywnymi studiami, nie odpowiadały długim godzinom liturgii pochwalnej, właściwej dla monastycyzmu. Nic dziwnego poza tym, że bracia mniejsi, korzystając z pozwolenia swobodnego organizowania życia liturgicznego, jakie otrzymały wszystkie instytuty zakonne w wieku XIII, rozwinęli kult bardziej skrócony, a równocześnie bliższy pobożności indywidualnej. Przykład tego dał sam św. Franciszek. Nikt bardziej od niego, jak świadczy Celano, nie otaczał z większą wiarą i czcią czynności liturgicznych. Była to jednak wiara praktyczna, której przedmiotem była przede wszystkim Eucharystia i to, co wiąże się z Eucharystią, a więc: kościoły, kapłani, święte naczynia. W Boskim Oficjum widział nie tyle uroczystą modlitwę społeczną, co wypełnienie należnej Bogu czci i oficjalny sposób wyrażenia swojej pobożności osobistej. Początkowo wspólnota braterska nie miała nawet ksiąg dla recytacji godzin kanonicznych. Kiedy zaś je już miała i trzeba było zorganizować oficjum chórowe, św. Franciszek wybrał Breviarium (brewiarz) kaplicy papieskiej, to znaczy oficjum krótsze niż to, które było w użyciu, zawierające się w bardziej podręcznym tomie. Jednak zamiast psałterza rzymskiego, przyjął psałterz gallikański, bardziej wtedy rozpowszechniony. Idąc za tendencją skracania czasu recytacji godzin kanonicznych, Zakon wprowadził z własnej inicjatywy, za pozwoleniem Grzegorza IX, reformę, a potem jeszcze jedną, każdorazowo po to, by dać więcej czasu na studium.

Autorem tych innowacji, polegających głównie na zniesieniu modlitw dodatkowych, takich jak oficjum za zmarłych i małe oficjum o NMP, był Haymon z Faversham. Była jednak także pewna grupa w Zakonie, która uważała codzienne oficjum za zbyt długie i ciężkie. O tym narzekaniu wspomniał w jednym ze swoich pism św. Bonawentura. Tymczasem wrogowie zewnętrzni oskarżali braci mniejszych, że rewolucjonizują liturgię kościelną. Mikołaj III (1277-1280) nałożył wszystkim kościołom Rzymu zreformowany brewiarz franciszkański, który w ciągu wieku XIV został wprowadzony w całym Kościele łacińskim. Bracia mniejsi mieli również wpływ na rozwój przyjętego przez Zakon Mszału rzymskiego, tego, którym posługiwała się kuria rzymska. Haymon dokonał nowej redakcji przepisów liturgicznych Mszy św. (rubryki). Trudno określić, do jakiego stopnia dziełem franciszkanów są ostateczne rubryki (przepisy) i formuły własne mszy prywatnych w wieku XIII, jak na przykład modlitwy na ofiarowanie oraz przed komunią świętą. Wiadomo, że różne aktualne rubryki pojawiają się po raz pierwszy w dekretach liturgicznych kapituł generalnych Zakonu, nie mówiąc już o sekwencjach i nowych świętach, które z kodeksów franciszkańskich dostają się do Mszału rzymskiego.

Pozaliturgiczny kontakt z tajemnicami objawionymi w osobistej medytacji, a także duszpasterski kontakt z ludem, któremu już niewiele mówił rytm roku liturgicznego, przyczynił się do znacznych zmian w kalendarzu liturgicznym. Wiele form pobożności, które zostały utrwalone pod wpływem franciszkanów, stało się uroczystościami. Każda kapituła generalna braci mniejszych pozostawiała pod tym względem bezpośredni ślad w roku kościelnym. W roku 1260 do kalendarza franciszkańskiego zostało wprowadzone święto Najświętszej Trójcy, które już w niektórych regionach obchodzono. W roku 1334 Jan XXII rozciągnął je na cały Kościół. Większą popularność, za sprawą synów św. Franciszka, miały święta i nabożeństwa związane z życiem Jezusa Chrystusa. Plastyczne przedstawienie Bożego Narodzenia istniało już wcześniej, ale franciszkanie spopularyzowali je bardzo, za przykładem Serafickiego Ojca, który je celebrował uroczyście w Greccio.

Nabożeństwo Męki Pańskiej najbardziej wiąże się z pobożnością rozpowszechnioną przez przykład i przepowiadanie franciszkańskie. Św. Franciszek ułożył Oficjum Męki Pańskiej, aby zadośćuczynić swojej osobistej pobożności. To samo uczynił św. Bonawentura, mając cel bardziej liturgiczny. Nabożeństwo do miejsc świętych w Palestynie zaczęło się już w okresie krucjat. Kiedy jednak utracono definitywnie Jerozolimę, franciszkanie podtrzymali w Europie pamięć świętych pielgrzymek, odwołując się do poczucia konkretności, odziedziczonego od Biedaczyny. Odpowiadały temu rekonstrukcje miasta świętego, z których najsłynniejsza była, zaprojektowana przez Bernardyna z Caimi na górze Varallo pod koniec wieku XV, a także praktyka Drogi krzyżowej, która miała się tak bardzo rozprzestrzenić. Z nabożeństwem do Męki Pańskiej św. Franciszek łączył cześć do najświętszej Eucharystii, o której z żarliwością pisał w swoich listach i upomnieniach. Był to czas, w którym wiara w obecność realną zastępowała praktykę komunii, sprowadzoną w wieku XIII do minimum. Do wzrostu tej wiary przyczynili się kaznodzieje franciszkańscy poprzez konfraternie eucharystyczne, jak na przykład tę, założoną przez Cherubina ze Spoleto (+ 1484).

W wieku XV św. Bernardyn ze Sieny na sztandarach swego apostolatu umieścił Imię Jezus, a wspierał go w tym św. Jan Kapistran oraz inni kaznodzieje. Później nabożeństwo to wejdzie spontanicznie do liturgii, z własnym oficjum, na które zakonowi franciszkańskiemu pozwolił Klemens VIII, a na cały Kościół rozciągnął Innocenty XIII. Natomiast nie nadeszła jeszcze godzina na wprowadzenie do modlitwy publicznej kultu Najświętszego Serca Jezusowego. Odznaczał się tym kultem św. Bonawentura, bł. Aniela z Foligno i bł. Baptysta z Varano. W pobożności franciszkańskiej z kultem człowieczeństwa Chrystusa nie mogła się nie łączyć cześć do Najświętszej Maryi Panny. Nie mówiąc już o entuzjazmie, z jakim Zakon propagował nabożeństwo do Niepokalanego Poczęcia. Święto Nawiedzenia, wprowadzone do kalendarza minoryckiego, rozciągnęło się na cały Kościół w wieku XV.

Wydaje się, że franciszkanom należy zawdzięczać dołączenie w pozdrowieniu anielskim (Zdrowaś Maryjo) słów: Ora pro nobis peccatoribus, nunc et in hora mortis nostrae. Inicjatywie br. Benedykta z Arezzo (+ 1282), przyjętej potem przez kapituły generalne połowy wieku XIII, zawdzięczamy zwyczaj dzwonienia dzwonem i odmawianie Angelus (Anioł Pański), początkowo raz na dzień w porze komplety na pamiątkę Wniebowzięcia, potem zaś trzy razy dziennie. Bł. Jan z Parmy w roku 1254 wprowadził na zakończenie oficjum antyfony końcowe do NMP, które potem zostały przyjęte także przez brewiarz rzymski. Podobnie jak dominikanie, również franciszkanie mieli swój różaniec, nazywany siedmioma radościami Maryi. Propagował go bardzo św. Bernardyn i św. Jan Kapistran. Oblubieniec Maryi, św. Józef, miał dzięki synom św. Franciszka swoje święto i miejsce coraz bardziej zaszczytne w pobożności ludowej. Oni pierwsi połączyli Świętego Patriarchę ze Świętą Dziewicą w jednym święcie Zaślubin; kapituła generalna w roku 1399 wprowadziła do kalendarza święto św. Józefa, które w wieku XVII stało się świętem obowiązującym (z przykazania). Wielkimi apostołami czci św. Józefa byli św. Bernardyn ze Sieny i Bernardyn z Bustis. Także rodzice Maryi, Joachim i Anna, weszli w orbitę konkretnej i uczuciowej miłości ku Człowieczeństwu Chrystusa i otrzymali kult liturgiczny po raz pierwszy w zakonie franciszkańskim. Jako spadkobiercy św. Franciszka, w sposób szczególny oddającego cześć opiekunowi rycerzy, jego synowie nadali szczególne znaczenie świętu św. Michała Archanioła, wzywanego przez teologów franciszkańskich jako specjalnego protektora bronionych przez nich prerogatyw Słowa Wcielonego i Dziewicy Niepokalanej. Z udanego połączenia liturgii i pobożności ludowej zrodziły się przedstawienia religijne, którym franciszkanie dali impuls. Zazwyczaj podejmowali się ich bracia od pokuty z trzeciego zakonu.