Przez pewien czas franciszkanie z Łagiewnik obsługiwali sąsiednią parafię Szczawin (1796-1864), inkorporowaną do klasztoru przez arcybiskupa gnieźnieńskiego 2 maja 1796 roku, gdzie ich staraniem wybudowano (1796-97) drewniany kościół, który spłonął doszczętnie w 1988 roku. Po powstaniu styczniowym klasztor uległ kasacie (8 listopada 1864).Za udział w powstaniu jeden z zakonników, Józef Sawicki został skazany na śmierć i stracony, a łagiewnicki gwardian, o. Leon Godlewski, zesłany na Syberię do Tunki w guberni irkuckiej, skąd powrócił w 1889 roku. W wyniku starań okolicznej ludności konsystorz warszawski, pismem z 26 września 1901 roku, postanowił utworzyć w Łagiewnikach parafię, która swoją działalność i prowadzenie ksiąg rozpoczęła od 1 stycznia 1902 roku. W latach 1907-1011 funkcję proboszcza pełnił o. Apolinary Kędzierski, franciszkanin. Korzystając z carskiego ukazu tolerancyjnego franciszkanie z prowincji galicyjskiej próbowali tu osiąść. Minister carski Stołypin pismem z 2 grudnia 1907 roku pozwolił na pobyt w Łagiewnikach trzech franciszkanów, którzy w 1910 roku musie’ jednak opuścić obszar Królestwa. Po pierwszej wojnie światowej zaraz w grudniu 1918 roku franciszkanie powróci do Łagiewnik. Wiele lat trwało odzyskiwanie budynku klasztornego, zajmowanego przez urząd gminy, policję, szkołę, pracowników tych instytucji i innych mieszkańców Zabranych gruntów nie odzyskano, ale dla urządzenia ogrodu, prowadzenia gospodarstw, a przede wszystkim dla zabezpieczenia się przed niepożądanym sąsiedztwem zakupu no w najbliższym otoczeniu kilka hektarów ziemi od właściciela dóbr łagiewnickich. W okresie międzywojennym w klasztorze łagiewnickim mieścił się nowicjat konny (1926-1933). Przede wszystkim jednak prowadzono tu aktywne apostolstwo Wybudowano dom tercjarski, przeznaczony na różne spotkania (oddany do użytku 15 stycznia 1933), nieistniejące dziś budynki gospodarcze po północnej stronie kościoła (1930) oraz kaplicę filialną na nowym osiedlu (poświęconą 29 czerwca 1935) przy której obecnie istnieje oddzielny klasztor. Rozpoczęto także budowę gmachu prowadzenia gimnazjum (5 sierpnia 1930 poświęcono kamień węgielny), ale zmiany przełożonych pociągały zmiany koncepcji pracy. Nieukończony budynek po wojnie upaństwowiono. Obecnie stanowi on część szpitala chorób płucnych. Podczas drugiej wojny światowej franciszkanie musieli opuścić klasztor. W 1940 roku Niemcy w kościele urządzili magazyn, a nieco później w klasztorze war ty naprawy samochodów i czołgów. W 1941 roku rozebrano trzy drewniane kap św. Walentego, MB Anielskiej i domek ojca Rafała, a w 1943 roku także kaplicę mienienia Pańskiego. Zaraz po ustaniu działań wojennych ukrywający się w okolicy współbracia zatroszczyli się o zajęcie klasztoru. W lutym 1945 roku przybył pierwszy powojenny przełożony o. Felicjan Szostak. Po wojnie prowincja umieściła w klasztorze najpierw nowicjat (1945-1954), później studium filozofii (1954-1969), a w 1978 roku erygowała pełne Wyższe Seminarium Duchowne, na potrzeby którego wzniesiono odrębny budynek (1981-1986). Łagiewnickie sanktuarium, oprócz św. Antoniego, ma drugiego Patrona. Jest nim o. Rafał Chyliński (1694-1741), który spędził tu najbardziej dojrzałe i owocne lata swego życia (1728-1736 i 1738-1741). Trwał na modlitwie i umartwieniu, zasłynął jako niezwykły spowiednik i człowiek miłosierdzia. Pochowany w podziemiach kościoła, przez ponad dwa stulecia nieprzerwanie odbierał cześć. Beatyfikował go Jan Paweł II, 9 czerw ca 1991 roku w Warszawie. Błogosławionemu urządzono kaplicę od strony północno-wschodniej i przeniesiono do niej relikwie.