Rys historyczny

W roku 1603 hetman Jan Zamoyski, który poznał franciszkanów w Padwie, bo tam studiował i jakiś czas był rektorem uniwersytetu, sprowadził naszych zakonników do Zamościa i umieścił przy kościele Świętego Krzyża na przedmieściu lwowskim. W roku 1637 rozpoczęto budowę nowego kościoła w obrębie murów miejskich, a w roku 1655 uroczyście przeprowadzono zakonników do nowego kościoła i klasztoru. Nowy obszerny kościół o wymiarach 29×56 m otrzymał tytuł Zwiastowania Pańskiego.

Franciszkanie w Zamościu rozwijali pracę duszpasterską na całą okolicę. Zasiadali na katedrach profesorskich w Akademii Zamojskiej oraz zajmowali się okresowo pracą wydawniczą. W roku 1784, gdy Zamość po pierwszym rozbiorze Polski znalazł się w zaborze austriackim, cesarz Franz Joseph wydał nakaz kasacyjny, któremu podlegał też nasz klasztor. Zakonnicy przenieśli się na jakiś czas do pobliskiego klasztoru klarysek, potem na kilka lat powrócili na dawne miejsce, ale dopiero w roku 1809 są zapisani w nekrologu ostatni zmarli zakonnicy.

Po upadku Księstwa Warszawskiego Zamość zajęli Moskale. Rozebrali oni całkowicie klasztor i wysoką dzwonnicę, a kościół obniżyli i wewnątrz porobili kondygnacje. W przebudowanym kościele umieszczono Kozaków.

Po I wojnie światowej mieścił się tu Sejmik Zamojski i inne instytucje. Później nawę główną zajęło kino, a w salach nad nawami bocznymi umieszczono szkołę plastyczną, która ma swoje warsztaty w podziemiach, zaś magazyny drzewa na strychu kościelnym.