Po odbyciu nowicjatu bracia zakonni kontynuują swoją formację w junioracie, który trwa 5 lat i jest czasem przygotowania do profesji wieczystej, czyli złożenia Bogu i Kościołowi ślubów: czystości, posłuszeństwa i ubóstwa. Od września 2008 roku bracia odbywają juniorat razem z klerykami w Wyższym Seminarium Duchownymw Łodzi-Łagiewnikach. Ich magistrem jest rektor seminarium.

Czas każdego dnia na junioracie podzielony jest na modlitwę, naukę, pracę i wspólny wypoczynek. Bracia junioryści uczestniczą w codziennym życiu wspólnoty seminaryjnej. Celem pogłębienia życia intelektualnego i duchowego uczestniczą w wybranych wykładach (m.in. Pismo święte, liturgika, duchowość , franciszkanizm, lektorat języka obcego) i korzystają z czasu na osobiste studium. Codziennie pełnią, podobnie jak bracia klerycy, różne dyżury i posługi według przyznanych rocznych obowiązków. Jeden dzień w tygodniu bracia juniorzyści pracują w różnych działach pracy w klasztorze i miejscowym sanktuarium, podejmując m.in. obowiązki kucharza, stolarza, zakrystianina oraz pomagając w jadłodajni dla ubogich.

Jeden dzień w tygodniu jest przeznaczony na kursy i praktyki poza seminarium (kurs komputerowy, wolontariatu i pomocy hospicyjnej i in.). Po odbyciu junioratu i złożeniu ślubów wieczystych bracia zakonni ubogacają wspólnoty franciszkańskie swoją obecnością i świadectwem życia w prostocie radami ewangelicznymi, na wzór św. Ojca Franciszka.